BioMediTech

Haaste: Tutkimusaineiston hallinta ja informaation tallentamiseen liittyi haasteita

Tutkimusinstituutissa toimivan laskennallisen biofysiikan ja kuvantamisen ryhmä (CBIG) on kehittänyt yhdessä sydäntutkimusryhmän kanssa kantasolupohjaisten sydänsolujen videoanalyysimenetelmän. Menetelmällä voidaan tutkia solujen sykettä ja niissä esiintyviä poikkeavuuksia.

Uudenlaista tutkimusmenetelmää kehitettäessä ilmeni, että tutkimusaineiston hallintaan ja informaation tallentamiseen liittyi haasteita.
”Kun tutkimusaineistoomme kertyi yhä enemmän dataa ja siihen liittyvää tutkimuksen kannalta tärkeää metatietoa, heräsimme tarpeeseen kehittää analyysimenetelmän rinnalle tietoja keräävän tietokannan”, kertoo CBIG-ryhmän tutkija Antti Ahola.

Ratkaisu: Videoanalyysimenetelmään liittyvän tietokannan kehitystyö

Sydänsolujen videoanalyysimenetelmän tueksi tarvittavan tietokannan tekijäksi valikoitui Pinja, jolla oli kokemusta lääketieteen ohjelmistojen kehittämisestä. Pinjan ja tutkimusryhmän yhteistyönä syntynyt CellVisus-ohjelma palvelee videoanalyysissa tuotetun datan järjestelmällisessä tallentamisessa ja hyödyntämisessä tutkimuksen kaikissa vaiheissa.

Ohjelman käyttöliittymä muotoiltiin mahdollisimman näppäräksi, jotta käyttö vaativissa laboratorio-olosuhteissa ei muodostuisi ongelmaksi.

– Yksityiskohtaisen informaation kerääminen, tallentaminen ja hallinnointi ovat keskeisessä roolissa analyysin onnistumisen kannalta. Jos tutkimusaineistoa ei voida luotettavasti hallinnoida, silloin tieteellisen tutkimuksen tekeminen on hankalaa ja tulosten ymmärtäminen vaikeaa, avaa tutkija Antti Ahola käyttöliittymän ja tietokannan merkitystä työssään.

Videoanalyysimenetelmään liittyvän tietokannan kehitystyö sujui aikataulussaan sujuvan yhteydenpidon ansiosta tutkimusryhmän ja Pinjan välillä. Aholan mukaan tutkimusryhmän jäsenet ovat olleet tyytyväisiä Pinjan panokseen.

Videoanalyysimenetelmää voidaan tulevaisuudessa hyödyntää esimerkiksi lääkkeiden kehitystyössä tunnistamassa lääkeaineita, jotka aiheuttavat sydänsoluissa häiriöitä. Saadun tiedon avulla resursseja voidaan kohdistaa sellaisten aineiden tutkimiseen, jotka ovat sydänsoluille vaarattomia. Suurten tietomäärien hallinnalla on lääketieteellisessä tutkimus- ja kehitystyössä keskeinen rooli.

– Innovaatiota tukeva tietokanta käyttöliittymineen on yksi tärkeä peruspilari, jonka varaan sydänsolujen videoanalyysimenetelmää voidaan rakentaa eteenpäin. Kehitystyön edetessä myös ohjelmiston toiminnallisuutta voidaan laajentaa, visioi Ahola.